在国际物流中，虽然大多数货物都适合用集装箱进行海运运输，但仍有部分货物不适合。

　　鲜活货物

　　如活鱼、虾、螃蟹、蔬菜、水果等生鲜产品，由于海运运输时间相对较长，在运输过程中这些鲜活类货物难以长时间保持新鲜度和活性，容易变质、死亡，无法满足其对运输时效性的要求，所以不适合使用集装箱海运。

　　超重货物

　　每个集装箱都有其最大承重重量限制，一旦货物重量超过该限制，就不能通过集装箱海运。例如一些大型机械或设备，其单件重量可能达到几十吨甚至上百吨，远超过普通集装箱的承载能力，若强行装载，可能会导致箱体变形、底板脱落、顶梁弯折等损坏，不仅会使货物受损，还会危及运输安全。

　　超大尺寸货物

　　对于一些特大尺寸的货物，如超高、超宽的大型配件等，无法装入集装箱内，只能通过散货船放在船舱或者甲板上来运输。

　　军事用品

　　集装箱通常不办理军事运输。部队或军工企业若需办理集装箱海运运输，需按商运办理，且军事运输使用自备集装箱的，不再按集装箱运输条件办理。

　　对运输环境及时效要求极高的特殊试验品

　　像血液样本、细胞组织、病毒病菌等试验品，对运输环境的温度、湿度、稳定性等条件以及运输时效都有非常严格的要求，集装箱海运难以满足这些精确的条件，因此不适用于集装箱进行运输。

　　部分危险货物

　　虽然有些危险货物在满足特定条件和要求下可使用杂货集装箱、框架集装箱、冷藏集装箱等进行运输，但像5.2类有机过氧化物、4.1自反应物质、自聚合物质等，以及具有自发热特点的危险品，严禁使用 “冷代干” 集装箱运输 。另外，对于其他一些未获得船公司、港口等相关部门许可运输的危险货物，也不能装入普通海运集装箱。